神仙魚的雌雄鑑別在幼魚期比較困難，但是在經過8～10個月進入性成熟期的成魚，雌雄特性卻十分明顯，特徵是：雄魚的額頭較雌魚發達，顯得飽滿而高昂，腹部則不似雌魚那麼膨脹，而且雄魚的輸精管細而尖，雌魚的產卵管則是粗而圓。
這種特徵只有在人工培育的品種會更加突出，至於野生的神仙魚則不是很明顯。這就需要依靠經驗去鑑別了
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