郭琇因樹敵太多,被政敵彈劾,直接被降五級,到康熙二十九年(公元1690年)又讓他停職致休,還差點因為父親請誥封的事被流放,最終康熙赦免了他。
康熙二十七年,郭琇獻上《參河臣疏》,彈劾河道總督靳輔、户部尚書佛倫,升任左僉都御史。彈劾宰相明珠及大學士餘國柱等,升任左都御史。彈劾少詹事高士奇結黨營私罪,因事回鄉,起為湖廣總督,年老辭職。康熙五十四年,病故於即墨。