1、科屬區別:棒花魚屬於棒花魚屬,金苔鼠屬於鮈屬。
2、背鰭區別:棒花魚的背鰭十分發達,比較大而金苔鼠的背鰭比較短,並不發達。
3、顏色區別:棒花魚背部的顏色是棕黃色的,頭部是烏黑色,金苔鼠的背部是棕黃色的。
4、分佈地域區別:棒花魚不僅在我國分佈廣泛,而且在周邊的日本和朝鮮也有,但金苔鼠則是我國特有物種。