兩者區別為來源不同。蔓菁是蕪青，來源於十字花科，蕓薹屬二年生草本植物。塊根可熟食或用來泡酸菜。芥菜來源於十字花科，一年生草本植物，葉鹽醃供食用。
一、科目分類不同
1、蔓菁
蔓菁，又稱球莖甘藍、擘藍、玉蔓菁、撇列、不留客、人頭疙瘩等。屬白花菜目、十字花科、蕓薹屬、甘藍種。
2、芥菜
芥菜，又名蓋菜、芥、掛菜等。屬罌粟目、十字花科、蕓薹屬、芥菜種。
二、形態特徵不同
1、蔓菁
高30～60釐米。全株光滑無毛。莖短，長橢圓形、球形或扁球形、具葉的肉質球莖，直徑5～10釐米，或過之，外皮通常淡綠色，亦有綠色或紫色者，內部的肉白色。葉片卵形或卵狀矩圓形，光滑，被有白粉，邊緣有明顯的齒或缺刻。花黃白色，排列成長的總狀花序，萼片4，狹而直立，花瓣展開如十字形。角果長圓柱形，喙常很短，且於基部膨大。種子小，球形，徑1～2毫米，有極小的窩點。花期春季。
2、芥菜
高可達150釐米，幼莖及葉具刺毛，有辣味，莖直立，葉片柄具小裂片莖下部葉較小，邊緣有缺刻或牙齒，莖上部葉窄披針形，邊緣具不明顯疏齒或全緣。總狀花序頂生，花後延長，花黃色，萼片淡黃色，長圓狀橢圓形，直立開展，花瓣倒卵形，長角果線形，種子球形，紫褐色。3-5月開花，5-6月結果。
一、形態特徵不同
1、蔓莖：植株通常匍匐，少有下垂的莖細長而柔弱，粗常約2毫米葉小，通常長1-2.5釐米，寬不及1釐米花很小，萼片通常長不超過6毫米。
2、芥菜疙瘩：高可達150釐米，全株無毛，塊根圓錐形，外皮白色，根肉質，白或黃色，有辣味，基生葉少數，大頭羽狀淺裂，葉片頂裂片寬卵形，邊緣有不整齊尖齒，莖生葉似基生葉，花淺黃色，萼片披針形或長圓卵形，花瓣倒卵形，種子球形，黑褐色，4-5月開花，5-6月結果。
二、植物科不同
1、蔓莖：蔓莖屬於蘭科盆距蘭屬植物。
2、芥菜疙瘩：芥菜疙瘩屬於十字花科蕓薹族蕓薹屬植物。
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