1、樹種不同,扁桃和蟠桃雖然都是薔薇科桃屬植物,但卻是完全不同的兩個樹種,扁桃是一個乾果樹種,也是木本油料樹種之一,而蟠桃是普通桃樹的一個變種,是一個水果樹種。
     2、食用部分不同,扁桃是以核仁為食用部分,其核仁香脆可口,營養豐富,扁桃的外果皮纖維多,汁液少,多不可食用,而蟠桃是以果肉為食用部分,果肉香甜多汁,味濃香溢,核仁多發苦,不可食用,多作為中藥配料進行使用。