一、形態不同
1、細菌：球菌外形呈圓球形或橢圓形的細菌。桿菌外形為桿狀的細菌稱桿菌，常有長寬接近的短杆或球杆狀菌。
2、細胞：細胞體形極微，在顯微鏡下始能窺見，形狀多種多樣。主要由細胞核與細胞質構成，表面有細胞膜。高等植物細胞膜外有細胞壁，細胞質中常有質體，體內有葉綠體和液泡，還有線粒體。
二、發現不同
1、細菌：細菌最早是被荷蘭人列文虎克（AntonievanLeeuwemhoek，1632-1723）在一位從未刷過牙的老人牙垢上發現的，但那時的人們認為細菌是自然產生的。
直到後來，巴斯德用鵝頸瓶實驗指出，細菌是由空氣中已有細菌產生的，而不是自行產生，併發明瞭“巴氏消毒法”，被後人譽為“微生物之父”。
2、細胞：細胞（Cells）是由英國科學家羅伯特·胡克（RobertHooke，1635～1703）於1665年發現的。當時他用自制的光學顯微鏡觀察軟木塞的薄切片，放大後發現一格一格的小空間，就以英文的cell命名之。
三、種類不同
1、細菌：根據形狀分為三類，即：球菌、桿菌和螺旋菌（包括弧菌、螺菌、螺桿菌）。按細菌的生活方式來分類，分為兩大類：自養菌和異養菌。
2、細胞：細胞種類有真核細胞，原核細胞，古核細胞。
區別:
細菌是單細胞的生物，也就是説只有一個細胞組成。
細胞是除病毒之外所有生命體的結構和功能單位，隨着生物由低到高的進化，高等生物是多細胞組成的，並且由於細胞的分紅，形成各種各樣的器官和組織，發揮各自的功能。
因此，可以説細胞包括的面更廣，而細菌只是由單細胞組成的生物。
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