前兩集清晰地交代了故事的基本結構,三體人所在的星球即將毀滅,他們開啟了殖民地球的計劃,三四百年後,他們將會來到地球統治人類。三體人向地球發送了智子,這種物質阻止了人類科技的進步。
聯合國因此組成一個對抗三體人入侵地球的組織。葉文潔及一個破壞地球組織ETO是三體人在地球的聯絡站,執行着三體人的祕密任務。
羅輯是某大學的老師,即將擔負起與三體人對抗的艱鉅任務。而此時,神祕組織接到了來自三體人的一道誅殺令:誅殺羅輯。結果,羅輯剛出酒店,其女友就因為一場人為的車禍身亡。故事陷入了緊張和懸疑的氛圍當中。