梅花鹿近親交配會增加胚胎死亡和生產畸形鹿的機會。也易造成仔鹿生活力低下以致其生產力降低。降低物種在環境中的適應能力,增加後代先天缺陷的概率,二級近親的風險增加8倍,一級近親的風險增加31倍,同胞通婚的風險是正常婚配的125倍,近親繁殖會導致後代的體格變小,體質變弱或變嬌,生產能力和繁殖能力下降,近親繁殖的代數越多、時間越久,引發的後果越明顯。