洗冤錄著於宋代，是法醫史上的驚世鉅著，其作者卻是一個飽受歧視的棺材遺腹子。在棺材中出生的宋慈被視為災星，幸得好朋友薛丹的祖母撫養長大，更與丹和查小燦成為好朋友。
長大後，慈遭人誣告後被判死刑，卻身遭雷殛。
送到義莊後卻遭看守的馬貴救回，相處後，慈更從貴身上學會了驗屍。
因分地糾紛而找村長理論的宋慈與劫富濟貧的江湖女賊唐思意外地捲入了謀殺村長的案中，被判死刑，後得到新知縣宋翊及熟悉驗屍的馬貴相助，沉冤得雪。
宋翊聘宋慈為忤作，兩人合作屢破奇案，聲名大噪。
唐思因宋翊救命之恩，暗生情愫，但宋翊已與聶楓發展感情。
這時一名長相與宋翊一模一樣的人突然出現，原來假宋翊為求功名，將真宋翊推下山崖冒名頂替，做起了知縣後又攀附權貴，拋棄聶楓而娶富家女藍彩蝶為妻，豈料藍家早已外強中乾，負債累累。
假宋翊感到彩蝶是他的負擔，故設計陷害。
其奸險面目漸漸表露，但他每次行兇時均非常謹慎，都要徹底毀屍滅跡。
宋慈無計可施之際，意外地發現了真宋翊的屍體，經過艱苦地調查取證，在唐思和聶楓的幫助下，最終懲戒了兇手，伸張了正義。
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