牡丹屬於直根系,生長期間根系可以深達地下2米,根肉質,宜幹不耐水濕。而且牡丹花的根系特別發達,根粗、多而且較直。因此要選用深盆。不同的株形所選用的花盆大小不一樣,1-2枝的牡丹一般用16-24釐米直徑的盆,3-4枝牡丹則用24-30釐米直徑的盆,5-6枝牡丹可以用30-36釐米直徑的盆。