產生憋芽的原因：
一是菌種選擇不當。菌種選擇主要注重2點：1、品種、小孔栽培中選擇的品種一定要選擇耳基單生的品種。2、菌種質量，一定要嚴把菌種質量關，不要採用攜帶雜菌、蟎蟲、病毒的菌種。
二是菌袋過鬆，袋料嚴重分離。出現袋料分離原因：1、在制菌時裝料不緊2、裝袋、運輸、裝卸中導致的袋料分離，尤其是在開孔以後的袋料分離而產生憋芽現象更爲嚴重。所以無論是在裝車、卸車、裝袋、倒袋、運輸的各環節都要做到輕拿輕放。
三是菌齡過短、開口過早。有些冬季生產的菌包長滿菌絲以後就放到室內直接凍藏，甚至直接開孔，養傷以後再放到室外冷凍儲藏。這種情況下是導致菌袋憋芽的重要原因。因此掌握好合適的開口時間，安排好出耳催芽的栽培季節也是重要環節。在時間安排上要根據當地氣候條件合理安排，開口時間只要掌握在當地最低氣溫必須穩定高於10度以上時開口和進行催芽管理，低溫也能造成袋內憋芽現象。
四是開口形狀不適宜，開口過小。開口形狀以“1”字口出芽效果最好，“*”字口次之，“O”型口最差。對於經驗不足或催芽技術水平不高的人根據實際情況來決定黑木耳菌袋開孔的形狀和大小。開口時注意根據菌袋及時調整開口機械的刀具達到合理的孔深和孔徑大小，以“1”字口爲例：孔深0.5-0.6釐米，長0.3釐米爲宜。這樣利於木耳原基分化和子實體形成。
五是催芽期間溫度過低，溼度過小。根據黑木耳生物學特性：木耳原基形成需要四個基礎條件：溫度、溼度、光照、氧氣，只要滿足這四個條件，黑木耳出芽就很容易。如要催好芽，不形成袋內憋芽，就需要充分滿足溫、溼、光、氧。大棚掛袋栽培可採取夜間澆水改白天九、十點鐘澆水以提高棚溫，嚴重憋芽的要用壁紙刀片劃開，如袋內有水將裏面水放出來，如有綠黴產生則下架地擺減少傳染。
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