嫁接沙田柚一般選擇同科同屬的酸柚和紅心柚實生苗作為砧木。
酸柚:別名綠樸,主產廣西、四川、廣東、福建等地。酸柚為喬化砧,嫁接沙田柚後苗期生長迅速,樹冠大,主根強大,根系較發達,嫁接親和力強,適應性廣,豐產性能好,但不耐澇,是沙田柚的良好砧木。
紅心柚,原產廣西容縣。該品種適應性強,根系發達,嫁接沙田柚後結果早,豐產穩產。