最大的原因是為投降的李陵辯解，觸怒了漢帝。
當時漢軍和匈奴作戰大敗，肯定需要有人來為戰敗負責，而投降匈奴的李陵無疑是最佳的背鍋人選，朝堂上已經定了基調，然而司馬遷卻跳出來説李陵投降是因為後無援兵，不得不降，是朝廷虧待了李陵。
司馬遷這麼説就是推翻了朝廷定下的基調，顯得漢帝是非不分，還應該由朝廷來為大敗負責，自然引得漢帝大怒，司馬遷受腐刑都算是開恩了。
司馬遷遭受腐刑是由於司馬遷替戰敗投降匈奴的李陵説了幾句公道話，觸怒了漢武帝，慘遭腐刑。司馬遷為了寫完史記，不得不受此奇恥大辱。
因為司馬遷保了一個被株連九族的李陵，被定為誣罔罪名，誣罔之罪為大不敬之罪，按律當斬。但是司馬遷毅然選擇了以腐刑贖身死，他想要在堅忍與屈辱中，完成那個屬於太史公的使命。逝世的時期不可考，但是從司馬遷的著錄來看，他至少活了48歲，這個年紀在漢代已經不算短壽了。
擴展資料：
司馬遷被判死刑，這是多方面原因所致。首先根源在漢武帝身上。武帝是一位孤傲自信、喜怒無常、忠奸不辯、好大喜功、愛見阿諛奉承之徒，忠臣良將多數不敢諫言。他自以為一代明君，且疑心甚大，敢諫之士多受其害。
據傳，他執政50多年，就打了40年仗，與匈奴就有19次交戰。他統治期間的13位宰相，先後有6位被處死或被逼自殺。在對待司馬遷的問題上，他沒想到遷給了他難堪，丟了他的顏面。而且遷批評他的大舅子——李廣利，讓他非常反感。
所以，當着文武百官的面來把遷打入天牢。而酷吏杜周之流，為迎合聖意判遷死刑。其實，武帝內心也怕遷被整死。吩咐杜周説:“這人性烈，千萬不能讓其在受刑時死去。”不讓遷死，怎麼辦呢 武帝本意是讓遷受宮刑。
當時在西漢，判死刑的人要免死，有三種情況:一是有先皇頒發的“丹書鐵券”，可以不死。遷不是重臣老將，當然沒有。二是交錢免死。當時贖金已提到50萬。遷家裏困難，交不起那麼多錢。有些官員想湊錢救他，懾於皇權不敢為之。
宮刑代死。這種刑法也叫腐刑，是對一個人肉體上和精神上的最大摧殘。對司馬遷這樣心境高尚的人，更是莫大恥辱，難以接受。漢武帝不讓遷死，有三點理由:一是遷的史書還沒寫完。此書也是奉旨而為，不能半途而廢。二是不捨遷的飽學多才。遷有淹沒皇上的學問，今後還想讓其為朝廷服務。武帝已決定受刑後，任命遷為中書令。三是他不願意在歷史上落下個殺了史官的罵名。
司馬遷受宮刑，滿朝文武百官態度各異。忠臣良將扼腕歎息，貪官奸賊幸災樂禍。杜周和李廣利之流，順從聖意準備給遷施以宮刑，讓他男不男女不女，生不如死，活在世上受罪。特別是李廣利與司馬遷、李陵還有一段感情糾葛。
據説，李陵有一表妹叫柳倩娘，賢能幹練、漂亮多才，李廣利想納為小妾，被倩娘拒絕，後來李陵讓表妹躲藏到司馬府。倩娘愛上了司馬遷，遂結為夫妻。倩與遷互敬互愛、志同道合，為遷寫書幫助很大。而李廣利卻賊心不死、耿耿於懷。遇此機會，他肆意報復，恨不得讓遷失去做人的尊嚴，難受至死。
司馬遷是一個滿腹才華的正人君子。他通曉古今、熟悉法律。他清醒地知道宮刑意味着什麼。他曾歎息:“最下腐刑極矣！”“詬莫大於宮刑。”受宮刑之人，“污辱先人，亦何面目覆上父母之丘墓乎”對於自己受宮刑，他痛不欲生，曾幾次想血濺牢牆，一死了之。經過他日夜思考，最後還是接受了宮刑。
活下來，就可以實現父親的遺願。活下來，是史官的使命和責任之需。不然著述中斷，愧對歷史。活下來，雖辱沒祖先，自己羞愧，但寫成史書則可楊宗耀祖、留名千古。活下來，家人也會理解，定會得到妻室兒女對寫書的有效支持。活下來，就能傳承孔子寫《春秋》的精神，也可以感恩朝野名賢們的教誨幫助和真心期待。活下來，就有了話語權。
凡此種種都是司馬遷面對現實，忍辱負重，堅強活下去的內在原因和動力。於是，在禍事當年，司馬遷被慘痛地施以宮刑。這麼一位整天埋頭篇牘中，忙於閲讀、整理歷史文獻的人，被漢武帝迫害至此，無不讓人覺得手握生殺予奪大權的漢武帝的惡毒陰損和卑鄙下流。這一年，漢武帝59歲，司馬遷46歲。這真是，一代君王布蠶室，千秋太史受腐刑。
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