區別主要在於:蘆根是蘆葦的根莖,而蘆竹根則是蘆竹的根莖,蘆竹杆要比蘆葦高和粗,蘆竹的杆上部有分枝,而蘆葦沒有,蘆竹和蘆葦性寒蘆竹四季都可以採摘。
從形態上來看蘆竹根的形態大多不規則,它的外皮是黃色的,而蘆根的切面是黃白色。