關於壽司的起源眾説紛紜，在古代東南亞、中國沿海都有和壽司製作工藝相似的食品，但形態卻不同。日本壽司以紫菜或海苔卷米粒與生魚片、黃瓜、肉鬆、焦葱為主，配上芥末、辣根、醬油、醋。。而在中國沿海有一種利用糯米、蛋黃、脆皮、花生、蔬菜、熟蝦仁做成的圓柱形飯糰，叫做餈飯棒，用一層熟面皮包裹，方法和握壽司有點像，但是材料和形狀不同。相傳餈飯棒來自春秋時期的越國（浙江地區），屬於古越民的傳統美食。
而在高句麗臣服中國後的公元200年即後漢年代，中國已開始流傳鮓這種食品，相傳由東北亞海洋民族（扶余、東穢、馬韓等）引進。在辭典中的解釋為以鹽、醋、米及蒸熟的魚段腓制而成的食品。有時採用炸脆魚條作為主料和飯糰拌在一起，形狀是一個橢圓的球形，形似橄欖球。但大多數時候沒有固定形狀，鮓又作粉蒸魚排或米蒸魚排，用的卻是熟米，可以加熱使用，也可以和熟魚冷拌。宋朝年間，中國戰亂頻仍，這正好為逃難的充飢食品，而品種更多，由菜蔬類，魚類，肉類等組合捏製而成，但因為沒有固定形態，因此和日本壽司有所差異。
漢字傳入日本初期，日本加進自己對漢字的理解，將日本的一些食物用與之意義相近或相異的漢字來替代，於是日本的“絲烏西”就變成了“鮓”，“薩西咪”就變成了“鮨”。
後漢時代日本也出現了用米飯生魚和醬汁做成的一口就可以吃掉的小型食品，比中國的鮓要小的多。這便是後來日本壽司的祖宗。而同時期的中國的鮓（米拌魚條）可以看作是壽司的兄弟或鄰居。只是現今沒有廣泛流傳和普及。
公元700年，即奈良年代，日本早期的小型食品被命名為壽司，當成節日食品來使用。壽司逐漸普及為日常食品，特別是一些漁夫用一些醋醃製過的飯糰，加上一些海產或肉類，壓成一小塊，整齊地排列在一個小木箱之內，作為沿途的食糧。鎌倉幕府時代，壽司已廣泛流傳，成為一種普通的物品和日本飲食文化的象徵。
飯糰自1970年代開始產生變化，傳統上對於飯糰的印象就是在一團蓬鬆的白米飯中，內餡或許是烤鮭魚，並且由母親以海苔將整個飯糰滿滿地包覆起來。而便利商店徹底地改變了這幅景象。
自從便利商店於1970年代出現後，飯糰就成為便利商店最重要的商品之一，直到今天為止，他們仍然保有這個地位。 由於開發出將米飯以及海苔分離的包裝方式，可以使海苔保持酥脆，並且可以讓消費者在享用飯糰之際不至於弄髒手，這讓便利商店所銷售的飯糰獲得青睞。而飯糰內餡料的選擇也非常多元，其中還有不少來自外國口味的餡料，讓這個珍貴的日本食物多了點洋味。
“北川表上遺址”中日本古墳時代(約公元250年-600年)後期人類居住遺址挖掘出土的炭化飯糰，以及在石川杉谷遺址挖掘出土的彌生時代(約公元前300年-公元250年)中期的飯糰，後者經考證為日本“最古老飯糰”。
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