3窩。繁殖期3-7月，營巢於河谷與溪流岸邊，巢多置於岸邊懸巖洞隙、巖石或土坎下凹陷處，也在岸邊巖石終逢隙和樹洞中營巢，巢呈杯狀或碗狀，通常隱蔽很好，不易被發現。
巢的大小為外徑10-13cm，內徑5.7-7.0cm，高6.5-7cm，深3-4.5cm。主要由雌鳥營巢，雄鳥僅偶參與營巢活動。
每窩產卵3-6枚，多為4-5枚，卵呈卵圓形或長卵圓形，白色或黃白色，也有呈淡綠色或藍綠色的，被有褐色或淡赭色斑點，卵的大小為17-20mm×13.5-15.5mm。雌鳥孵卵，雛鳥晚成性，雌雄親鳥共同育雛。
石燕一年孵一窩幼鳥。
石燕：形狀和燕子相似，表面青灰色或土棕色，輪廓有方形、圓形、梯形、三角形及卵形，貝體大小不等。石燕由兩個不等的外殼疊合在一起而成，比較大的位於上方，為腹殼，比較小的位於下方，為背殼兩殼的後緣比較平整，有一個近似寬等腰三角形或寬縫狀的鉸合面，正中可以看到三角形洞孔或雙板前緣比較圓，直伸或稍稍下彎，腹殼的頂區隆凸，正中有一個凹槽，背殼正中常凸隆，兩側的殼面急劇傾斜呈翅狀，殼面有圓心性層紋（殼層）和放射狀線紋（殼線）。石燕質地堅硬，如同石頭一樣，砸碎後斷面為青灰色或紅棕色，鼻聞無臭，口嘗味淡。
石燕鳥在每年的3月份開始築窩，每年10月中旬至11月末按地域温度陸續遷徙。燕鳥在農家屋檐下營巢，巢是把銜來的泥和草莖用唾液粘結而成，內鋪以細軟雜草、羽毛、破布等，還有一些青蒿葉，巢為皿狀。
每年繁殖2窩，大多在5月至6月初和6月中旬至7月初。每窩產卵4～6枚。第二窩少些，為2～5枚。卵乳白色。雌雄共同孵卵。
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