三焦辨證為清代温病學家吳鞠通所確立,但其理論淵源可以上溯到《內經》。歷代對三焦的認識不盡相同,但大多以上、中、下三焦劃分人體上、中、下三個部分,即橫膈以上的胸部為上焦,包括心、肺兩髒橫膈以下、臍以上的脘腹部為中焦,內居脾胃臍以下為下焦,包括小腸、大腸、肝腎和膀胱等。
漢代張仲景在《傷寒論》、《金匱要略》中即論述過三焦病證,其後歷代醫家有所發揮,但尚未構成完整的體系。
至清代吳鞠通著《温病條辨》,三焦辨證得以確立。