紫薯的儲藏方法大致有兩種，即高温儲藏法和低温儲藏法。
1、高温儲藏法就是在紫薯入窖後，燒火升温到35-38℃，並保持2-3天，將紫薯的黑斑病、軟腐病等病菌殺滅。然後再將温度降至10-14℃低温進行儲藏。該法效果很好，但成本較高，操作起來較為麻煩，因此對分户儲藏的農户來説，藥劑處理的低温儲藏法較為合適。
2、採用低温儲藏法，首先在紫薯入窖前一週對薯窖進行消毒。可用70%的託布津1000倍液，或50%的多菌靈800倍液，對窖內進行噴霧消毒。在紫薯收穫後，要及時處理，及時入窖。可用70%的託布津1000倍液，或用50%的多菌靈800倍液，按1：1比例將紫薯浸濕，再撈出滴乾入窖。第三，在紫薯入窖後，採用各種方法，始窖內温度保持在15℃以下，10℃以上。窖內温度低於15℃，可以抑制病菌的活動，高於10℃，可以避免凍害，達到安全儲藏的目的。
營養醫師介紹紫薯變軟了是不能吃的。紫薯變質後會有一股腐敗的味道，苦苦的，而且用手按壓會感覺爛乎乎的，從原來的硬的狀態變軟，有液體滲出。
或者是變得乾乾的，顏色發黑，煮不軟，有種苦味。這兩種都是變質的表現。
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