一部分:《窗邊的小豆豆》這本書是講了一所學校和在那裏上學的一個小女孩的真實故事。故事是發生在第二次世界大戰結束前的東京。
第二部分:故事中的小豆豆因為淘氣,一年級就被校長開除了。後來,小豆豆來到了“巴學園”。這是一所與眾不同的學校,有着讓人一看就與眾不同的校門,它是由兩株矮樹組成的,樹上長着許多葉子。
第三部分:小豆豆在校長室和校長交談。
第四部分:巴學園有着很特別的教室和學習方式,還有很與眾不同的午餐。每當吃午飯時候,小林校長總會問同學們有沒有帶“山的味道“和“海的味道”。小林校長是因為不想讓孩子們太挑食,蔬菜和魚肉都得吃。
第五部分:講述小豆豆在巴學園的學習生活。
第六部分:巴學園在戰爭之中被迫關閉,小豆豆離開了巴學園。