專項辦的職責如下：
第一，負責專項工作的日常事務
第二，對專項工作進行組織管理和日常的監督，確保專項工作科學的運轉下去
第三，負責協調專項工作的相關矛盾，協調相關的社會關係
第四，積極主動的向有關單位彙報工作。
它屬於科技部的內設機構，職能是：會同有關方面擬訂科技重大專項實施辦法，審核實施計劃，提出綜合平衡、方案調整和相關配套政策建議，跟蹤和監督實施，協調解決重大問題，組織評估和驗收負責相關綜合信息管理
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