曲窖酒和麴酒都是用酒麴（也就是酒藥）發酵而釀的酒，曲窖酒是經過窖藏的酒，而麴酒是沒有經過窖藏的酒，簡單的説就是剛剛釀造出來的酒
麴酒是沒有經過窖藏而直接岀售，口感照曲窖酒經過多年窖藏耐曲窖酒差多了。麴酒光有酒麴的香，而曲窖酒不但有曲香而還有濃濃的窖香的味道。
1、發酵菌種不同：
麴酒是利用穀物發芽時產生的酶將原料本身糖化成糖份，再用酵母菌將糖份轉變成酒精。
曲窖酒的生成，曲窖酒生產是自然條件下的生物酶制過程，是益生菌類代謝平衡與釀酒工藝的完美結合，是糧食經發酵轉化成的飲料食品，老窖發酵”和“陳釀貯存”是曲窖酒最重要的工藝環節。
2、分類不同
麴酒分為三種，大麴酒、小曲酒和麩曲酒。
大麴酒，以大麴為糖化發酵劑，大麴的原料主要是小麥、大麥，加上一定數量的豌豆。一般是固態發酵，大麴酒所釀的酒質量較好，多數名優酒均以大麴釀成。
小曲酒，是以稻米為原料製成的，多采用半固態發酵，南方的白酒多是小曲酒。
麩曲酒，以純培養的麴黴菌及純培養的酒母作為糖化、發酵劑，發酵時間較短，由於生產成本較低，為多數酒廠為採用，此種類型的酒產量最大。以大眾為消費對象。
窖酒分為兩種，合成窖酒、調和窖酒。
合成窖酒，是酒精、香精和水的合成液體。
調和窖酒，是釀造基酒、酒精、香精和水的混合液體。曲酶轉化蒸餾白酒，是經發酵、蒸餾釀造工藝凝成的酒液。
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