一是精準計算髮酵時間，以發酵完成即可隨起壟使用最為適宜。一般來説，2月下旬至3月上旬，外界温度達到8～10攝氏度，發酵時間為15天左右3月中旬至4月上旬，外界温度達到11～15攝氏度，發酵時間為10天左右。
二是掌握科學的發酵方法。先將大豆粉碎，粉碎時不宜過細，以每顆4～6瓣為宜。再將大豆與EM菌混合，每100千克大豆配25～30千克EM菌稀釋液。可採用邊翻堆邊噴灑的方式，使粉碎大豆持水量保持在28%～30%。最後，將完全混拌均勻的大豆合理堆垛，用塑料薄膜蓋嚴，保温密封，每5天翻堆一次。
三是合理判斷髮酵效果。當大豆出現均勻的白色菌絲，同時聞之有酒麴味，顏色正黃或橘黃，手握半成團，鬆之即散且有彈性，則發酵完成如果發現大豆顏色變暗發紅，有臭味和黴變味，則發酵過度，影響肥效。如果離起壟時間過長或因天氣原因不能及時施用，需要將發酵好的大豆翻堆晾曬至乾燥，用包裝袋裝好備用。
黃豆煮熟涼温加em菌紅糖發酵三天，翻一翻再發五天。
具體使用方法如下:塑料桶中加入紅糖，然後將水燒開，倒入塑料桶中，等到水温下降至35℃左右時，將em菌種加入其中，蓋上蓋子密封好進行發酵（發酵過程中，温度控制在30-35℃左右，不宜超過40℃）。
em菌發酵黃豆，要先把黃豆煮熟，最好爛一點，然後找一個大點的塑料容器，等黃豆晾涼了，把水倒進去，最好把黃豆也倒進去，不要倒太滿，留出發酵的空間，然後加入我們家裏面蒸饅頭用的發酵粉，再加入紅糖，或者説是糖蜜網上有賣，放在陰涼的地方，發酵三個月就好了。
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