牛膝菊主要是採集莖葉,當苗高30釐米時,便可開始採收。第一次採收不要太低,留有一定的基葉使其生長側枝,採收的嫩莖要在10釐米左右。
牛膝菊收穫後置陰涼乾燥處,防潮。南方在11月下旬至12月中旬,北方在10月中旬至11月上旬收穫。先割會地上莖葉,依次將根挖出,剪除蘆頭,去淨泥土和雜質。按根的粗細不同,曬至六七成幹後,集中室內加蓋草蓆,堆悶2-3天,分級,扎把,曬乾保存。