裏海海豹的起源的真相是,上新世末年發生了一次海侵事件,淹沒了從今天裏海到鹹海的廣闊地區,當時的裏海是今天的三倍大,有一批來自北方的海豹隨着海水侵入裏海。海退以後,這些海豹就被留在裏海中,演化成裏海海豹。
傳統觀點認為,這一夥入侵的海豹是北極的環斑海豹,近期也有學者依據線粒體DNA分析結果,認為是北大西洋的灰海豹。