堆肥過程大致可分成升温階段、高温維持階段和腐熟階段。
（1）升温階段
堆肥初期，堆層基本呈中温，嗜温性微生物較為活躍，利用堆肥中可溶性有機物旺盛繁殖。它們在轉換和利用化學能的過程中使一部分變成熱能。由於堆料有良好的保温作用，因而温度不斷上升。此階段微生物以中温型、需氧型為主，通常是一些無芽孢細菌。適合於中温階段的微生物種類極多，其中最主要的是細菌、真菌和放線菌。細菌特別適應水溶性單糖類，放線菌和真菌對於分解纖維素和半纖維素物質具有特殊功能。
（2）高温維持階段
當堆肥温度升到45℃以上時，即進入高温階段。在此階段，嗜温性微生物受到抑制甚至死亡，嗜熱性微生物逐漸替代了嗜温性微生物堆肥中殘留的和新形成的可溶性有機物質繼續分解轉化，複雜的有機化合物如半纖維素、纖維素和蛋白質等開始被強烈分解。通常，在50℃左右進行活動的主要是嗜熱性真菌和放線菌温度上升到60℃時，真菌幾乎完全停止活動，僅有嗜熱性放線菌和細菌在活動温度升到70℃以上時，對於大多數嗜熱性微生物已不適宜，微生物大量死亡或進入休眠狀態。
（3）腐熟階段
在內源呼吸後期，只剩下部分較難分解及難分解的有機物和新形成的腐殖質，此時微生物活動下降、發熱量減少、温度下降。在此階段嗜温性微生物又佔優勢，對難分解有機物作進一步分解，腐殖質不斷增多且穩定化，此時堆肥即進入腐熟階段。降温後，需氧量大大減少、含水量也降低、堆肥物空隙增大、氧擴散能力增強，此時只需自然通風。堆肥過程大致可分成升温階段、高温維持階段和腐熟階段。
（1）升温階段
堆肥初期，堆層基本呈中温，嗜温性微生物較為活躍，利用堆肥中可溶性有機物旺盛繁殖。它們在轉換和利用化學能的過程中使一部分變成熱能。由於堆料有良好的保温作用，因而温度不斷上升。此階段微生物以中温型、需氧型為主，通常是一些無芽孢細菌。適合於中温階段的微生物種類極多，其中最主要的是細菌、真菌和放線菌。細菌特別適應水溶性單糖類，放線菌和真菌對於分解纖維素和半纖維素物質具有特殊功能。
（2）高温維持階段
當堆肥温度升到45℃以上時，即進入高温階段。在此階段，嗜温性微生物受到抑制甚至死亡，嗜熱性微生物逐漸替代了嗜温性微生物堆肥中殘留的和新形成的可溶性有機物質繼續分解轉化，複雜的有機化合物如半纖維素、纖維素和蛋白質等開始被強烈分解。通常，在50℃左右進行活動的主要是嗜熱性真菌和放線菌温度上升到60℃時，真菌幾乎完全停止活動，僅有嗜熱性放線菌和細菌在活動温度升到70℃以上時，對於大多數嗜熱性微生物已不適宜，微生物大量死亡或進入休眠狀態。
（3）腐熟階段
在內源呼吸後期，只剩下部分較難分解及難分解的有機物和新形成的腐殖質，此時微生物活動下降、發熱量減少、温度下降。在此階段嗜温性微生物又佔優勢，對難分解有機物作進一步分解，腐殖質不斷增多且穩定化，此時堆肥即進入腐熟階段。降温後，需氧量大大減少、含水量也降低、堆肥物空隙增大、氧擴散能力增強，此時只需自然通風。
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