因為黃河洪泛,導致此次改道,大量的泥沙衝進山東境內的大運河裏,結果就是運河被淤塞,此時清末政府內憂外困,再無能力投入運河的疏浚,更談不上針對新改道的黃河重新設計建造沿運河的梯級船閘。至此,京杭大運河在黃河以北逐漸失去了通航能力,國家也不得不依賴海運實現南北物流運輸。目前只有黃河以南的大運河,最北到濟寧梁山港還能通航。