冷凍低温的環境能夠抑制馬蹄表面細菌的生長繁殖，從而達到延長保存時間的作用，但時間太久也會影響口感。削過皮之後的馬蹄經過清水淘洗，其口感不如原本醇厚，儘可能當天全部吃完，放進冰箱冷藏層保存的馬蹄一般可以保持1-2天的時間，而在冰箱冷凍層中則可以保存1-2周的時間。
一般的馬蹄如果不着急吃的話可以不削皮直接存放，避免果肉與空氣接觸後出現發黃變色的現象，削過皮的馬蹄可以放進清水中浸泡保存，或者放入保鮮盒中用保鮮膜蓋好，然後放進冰箱冷藏。
削了皮的馬蹄放在冰箱裏最多能放1天時間。
荸薺又名馬蹄、地慄、鳥芋等。供食用的球莖質脆多汁，熟食、生食均可，具有健胃、祛痰、解熱等多種功效。
馬蹄的保存方法：
1、陶缸貯藏保鮮 荸薺採收後，去掉球莖表皮上的泥土和雜物，剔除病、傷球莖，攤放於磚地上12～15天，經適當晾乾後，將荸薺置於室內大陶缸中（不可用醃過菜的陶缸，陶缸應置於乾燥、通風處）。每缸貯量約80～100千克，將貯滿荸薺的陶缸口部加蓋。須注意的是：貯藏於陶缸中的荸薺在貯藏前期呼吸作用旺盛，須把缸蓋揭開，以利通風透氣，散發缸內水分。在陰雨時節，因空氣中的濕度大，荸薺體內含水量會迅速增加，應及時揭蓋排濕。炎熱高濕季節，因水分蒸發快，要及時加蓋，以防荸薺球莖體內水分蒸發而引起幹腐。在貯藏過程中，每隔25～30天須將陶缸內貯藏的荸薺翻動檢查一次。按上述方法貯藏，荸薺的保鮮期可達半年以上。
2、細沙貯藏保鮮 荸薺收穫後，在陰涼的房屋或地下室內，用磚頭砌一個埋藏坑，在坑的底部先鋪5～7釐米厚的細沙，將荸薺球莖排列幹沙上，其上須蓋細沙3～4釐米，沙上再依上述方法排放荸薺球莖，依此不斷堆疊，但堆疊總高度不超過1米。此法有良好的貯藏保鮮效果。
3、溶液貯藏保鮮 將採收的荸薺球莖去雜清洗後迅速浸入次氯酸鈉溶液中貯藏。據測試，使用該法貯存，在温度0～2℃、相對濕度98％～100％的貯藏環境下，荸薺球莖的保鮮期可達10個月，在5℃以下貯藏保鮮期可達6～8個月。
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