傳統的豆腐乳是黴菌與細菌混合菌天然發酵而成的。長的厚厚的毛就是黴菌,主要為根黴與毛黴。細菌和酵母等也參與其中,如開始長出的光滑的粘液層就主要是細菌和酵母。
腐乳通常是黴菌發酵而成的。在做腐乳醃製的時候,通常會導致腐乳的表面出現一層白毛,而且這些白毛能夠有效的促進黴菌的大量繁殖,在黴菌的作用下,能夠有效的使腐乳中的蛋白質更容易被人體所吸收。
腐乳在黴菌的作用下,不僅能夠有效的維持裏面所含有的維生素B2和維生素B12,同時裏面含有的營養價值也是比較多的,比如鐵鋅等。腐乳發酵類型通常分為4種,第1種通常是醃製腐乳,第2種通常是根黴腐乳,第3種是毛黴腐乳。