乳酸菌是細菌 ，酵母菌是真菌。
乳酸菌屬於細菌，細菌的基本結構包括：細胞壁、細胞膜、細胞質、DNA集中的區域，有些細菌還有鞭毛、莢膜等特殊結構酵母菌屬於真菌，真菌的基本結構包括：細胞壁、細胞膜、細胞質、細胞核。所以乳酸菌和酵母菌在結構上的主要區別是乳酸菌沒有成形的細胞核。
酵母菌是真核單細胞生物，具有成型的細胞核，也具有如‘線粒體’‘核糖體’等真核生物才具有的細胞器，酵母菌的生殖方式分無性繁殖和有性繁殖，以無性繁殖為主，主要為出芽生殖。
而乳酸菌則是典型的原核生物，具有擬核與僅有的細胞器‘核糖體’，是一類以糖為料發酵產生乳酸的細菌
革蘭氏染色呈陽性
生殖方式為裂殖，即‘二分裂’
乳酸菌是細菌，酵母菌是真菌。
乳酸菌指發酵糖類主要產物為乳酸的一類無芽孢、革蘭氏染色陽性細菌的總稱。凡是能從葡萄糖或乳糖的發酵過程中產生乳酸菌的細菌統稱為乳酸菌
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