1）從染菌時間來看，發酵早期染菌，可能原因有：種子帶菌，培養基和設備滅菌不徹底，接種操作不當，無菌空氣帶菌發酵後期染菌，可能原因有：中間補料污染，設備滲漏，操作問題
2）從污染的雜菌種類來看，污染耐熱的芽孢桿菌，可能是培養基或設備滅菌不徹底污染球菌、無芽孢桿菌等不耐熱雜菌可能是種子帶菌，設備滲漏污染黴菌，一般是無菌室滅菌不徹底或操作問題。
3）從染菌的幅度來看，如果各個發酵罐或多個發酵罐染菌，而且所污染的是同一種雜菌，一般是空氣系統問題如果各別罐連續染菌，一般是設備問題。
發酵罐及其附屬設備（空氣淨化系統，温度、壓力流量等控制系統及相應的管道閥門）中，哪一個環節出現問題都可能造成發酵失敗。因此，企業首先應樹立“預防為主”的觀念，從設備入手杜絕可能引起發酵染菌的各種隱患。
1、菌種：
液體菌種感染細菌，沒有檢測到。
這種的表現：輕微時外觀無表現，嚴重時液體菌種接種後不能萌發，或者菌絲灰暗，稀疏，不潔白。
液體菌種引起的細菌性污染，大多數情況是以一個發酵罐接種的數量為單位出現，規律性比較明顯。
固體菌種攜帶細菌，通常是菌種本身污染，或者受過高温，或者高温運輸，或者長期存放的菌種。
這種的表現：染菌的部位是在料面接種塊開始，在菌種萌發就開始表現萌發不正常，萌發較慢，不吃料。
2、滅菌
因為滅菌不徹底，温度不夠，時間不夠等導致。
滅菌不徹底引起的細菌污染，打開袋子有明顯的酸臭味道，一般在接種後的5-7天開始表現出來。
一般除了細菌，同時會伴隨酵母菌，以及其他的黴菌同時污染。
3、培養基含水量過大
培養基含水量過大，菌袋在（瓶）的底部有大量的積水，菌絲不能正常的生長，逐漸滋生細菌。
4、培養過程高温
因培養室温度過高，或者擺放的密度過大，導致菌絲在很高的温度生長，這個過程一定不是無菌環境，細菌在高温環境中開始快速繁殖，表現為細菌污染，這種情況容易出現黃水或者紅水。
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