1、科屬不同:水蕨菜屬多年生草本植物,水芹菜屬多年水生宿根草本植物。
2、形態不同:水蕨菜高可達70~100釐米,莖單生、中空、具分枝,葉片二至三回羽狀全裂、邊緣具尖鋸齒狀。水芹菜高15~80釐米,莖直立或基部匍匐,基生葉有柄,葉片輪廓三角形。
3、產地不同:水蕨菜生於海拔400~2900米的雜木林下、濕地或水溝邊,水芹菜原產亞洲東部。