材料：大豆500g、豆菌5g、高壓鍋、不鏽鋼盆、泡沫飯盒等淺容器、泡沫箱子、2立升長方形塑膠瓶子或暖水袋、温度計
1、泡豆蒸豆
將大豆充分洗淨後，加入3倍量的水浸泡一夜後，倒掉水放進高壓鍋內蒸到大豆用手捏碎的程度，大約45分鐘。如沒有高壓鍋，煮水時一次不要放得太多。為了保持大豆的原汁原味，最好是蒸。
2、接種豆菌
將豆菌用50ml熱水（温度最好38-45℃，温度太高會殺死豆菌）溶解後，均勻地加入到熱大豆中（温度最好38-45℃，温度太高會殺死納豆菌），迅速攪拌均勻，分裝在7個泡沫飯盒裏，厚度大約2cm，上面苫上紗布或者在飯盒與飯盒蓋之間架上一雙筷子，使其充分接觸空氣。因豆菌是嗜氧菌，接觸空氣是很重要的。發酵好以後，就要蓋好蓋，用膠帶封住口，避免接觸空氣利於長期保存。
3、在恆温下發酵14-36小時
在乾淨的大泡沫箱內放入幾瓶裝滿50℃熱水的長方形塑膠瓶子，把已接種上納豆菌的泡沫飯盒擺在瓶子上，箱內理想温度是42℃。如箱內温度降到38℃時，瓶內重新換入50℃的熱水。如此反覆更換瓶內熱水，發酵14-36小時，大豆表面產生了白膜，有粘絲出現後，大豆就變成臭豆子了。如沒有泡沫箱子，也可使用大紙盒，四周包上棉被和電褥子，或者箱內插入一隻45℃的電燈泡等方法來保持箱內恆温。注意多接觸空氣。
4、後熟（活菌低温休眠）
在38-42℃的恆温下發酵14-36小時，然後放在冰箱內低温貯藏數小時後，做好的臭豆子無論是外觀還是口感都會更好。因此建議臭豆子做好後，先放入冰箱內低温貯藏數小時以後再食用或長期保存。
5、製作關鍵
①注意保持38-42℃的恆温。②豆菌要接種到熱熱的大豆中（温度最好38-45℃，温度太高會殺死豆菌）。
6、豆菌的保存
豆菌菌種因處於孢子狀態特別穩定，只要放在陰涼乾燥處就能長期保存。但開封後一定要放在冰箱內低温保存。
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